EMSC je osnovan početkom 2016. godine nakon perioda visoko dinamičnih nepravilnih migracija, sa ranjivim migrantima koji su putovali uglavnom neometano u velikim grupama preko Sredozemnog mora, spoljnih kopnenih granica i dalje, prema Evropi i njihovim željenim odredišnim zemljama.
Europol je utvrdio da su mnogi migranti imali podršku kriminalne organizacije, bar za početno putovanje preko mora do Evrope. Ove usluge podrške često su podrazumevale rizičan prelazak mora u potpuno neprikladnom i pretrpanom plovilu. Krijumčarenje migranata brzo se razvilo u vrlo unosan oblik kriminalnog posla koji zaobilazi i zloupotrebljava mere suzbijanja na morskim granicama koje su zajednički primenjivale članice EU i agencije.
Suočavanje s ovom višemilijardnom trgovinom postalo je stoga ključni deo odgovora EU na migrantsku krizu. Naime, Agenda EU o migracijama (2015) identifikuje borbu protiv krijumčarenja migranata kao ključni prioritet.
Podrška policiji i graničnim vlastima u koordinaciji izuzetno složenih prekograničnih operacija protiv krijumčarenja postala je glavni cilj EMSC-a, koji je okupio neke od najboljih istražitelja u Evropi. EMSC blisko sarađuje sa svojim partnerima, EU agencijama koje se bave pravosudnom saradnjom (Eurojust) i upravljanjem granicama (Frontex).
